Οι υπερλιπάνσεις προκαλούν νιτρορύπανση, δηλαδή επιβάρυνση με νιτρικά ιόντα πέραν του ορίου των 50 ppm στα υπόγεια ύδατα.
Σε πολλές περιπτώσεις όπου ισονιτρικές καμπύλες ξεπερνούν ακόμα και τα 300 ppm είναι αναμενόμενη η αύξηση των κρουσμάτων καρκίνου του στομάχου και της κύστεως. Ως γνωστό τα νιτρικά ιόντα ανάγονται σε νιτρώδη και υπονιτρώδη, και σε ενώσεις με τα αμινοξέα του ανθρώπου παράγουν νιτροζαμίνες που αποτελούν ουσίες που έχουν χαρακτηρισθεί άκρωςκαρκινιγόνες. Η νιτρορύπανση προκαλεί επίσης μεθαιμογλοβυναιμία (θανατηφόρος νόσος των βρεφών). Στα επιφανειακά νερά και ιδίως στις λίμνες και στους κλειστούς κόλπους η παρουσία αυξημένων συγκεντρώσεων αζωτούχων αλλά και φωσφορικών ενώσεων, με τη συνδρομή και της ηλιακής ακτινοβολίας, ενισχύει, συχνά σε υπερβολικό βαθμό, την ανάπτυξη υδρόβιας βλάστησης και φυτικών μικροοργανισμών στο νερό (φυτοπλαγκτόν), δημιουργώντας με τον τρόπο αυτό το φαινόμενο του ευτροφισμού. Στις συνέπειες του ευτροφισμού περιλαμβάνονται η μείωση του διαλυμένου οξυγόνου στα βαθύτερα στρώματα του νερού, η δημιουργία τοξινών που σκοτώνουν τα ψάρια, η παραγωγή ενώσεων που προσδίδουν δυσάρεστη οσμή στο νερό και η εν γένει διαταραχή της οικολογικής ισορροπίας.