Τεράστιο ρόλο στη λειτουργία των τριών εγκεφαλικών δομών (αριστερό και δεξί ημισφαίριο, μεσολόβιο) παίζει η αμυγδαλή που είναι ένα από τα αρχαιότερα, πρωτογενή όργανα όλων των έμβιων όντων. Στα πρωτόγονα πλάσματα που διαθέτουν εγκέφαλο, όπως και στον πρωτόγονο άνθρωπο, η λειτουργία της ήταν μέγιστης σημασίας καθώς είναι ο αδένας του φόβου και της προφύλαξης, το τμήμα του εγκεφάλου που ουρλιάζει «πρόσεχε!». Η ζωή μας έχει αλλάξει, όμως η αμυγδαλή δεν εξελίχθηκε. Παρέμεινε εκείνη του πρωτόγονου ανθρώπου που τρέχει να προφυλαχθεί από τονδεινόσαυρο και στον εικοστό πρώτο αιώνα μάς τυφλώνει τόσο που δεν μπορούμε να ελέγξουμε ρεαλιστικά τον φόβο μας. Είναι το όργανο που κάνει τον άνθρωπο να φουντώνει στα καλά καθούμενα, που προξενεί καβγάδες, εκδηλώνει βία και καταργεί εντελώς τη συνεννόηση. Η αμυγδαλή είναι μεγάλη κλέφτρα. Επιστημονικά μιλώντας κάνει «συγκινησιακή πειρατεία». Δηλαδή συγκρατεί τη μνήμη ενός επικίνδυνου και δυσάρεστου γεγονότος χωρίς να μπορεί να το εκλογικεύσει και, ανά πάσα στιγμή, κάτι που θυμίζει εκείνον τον παλιό φόβο την ενεργοποιεί σε τέτοιο βαθμό παραλογισμού.
Συχνά θεωρείται και το κέντρο της μανιακής ή διπολικής συμπεριφοράς, όπου μπορεί η ψυχοθεραπεία να μην αρκεί και το άτομο παραπέμπεται σε ψυχίατρο για να πάρει φάρμακα. Οι ερευνητές αναφέρουν την περίπτωση της φοβίας που πήρε το όνομα «το κόκκινο αυτοκίνητο». Ένας άνθρωπος χτυπήθηκε από ένα κόκκινο αυτοκίνητο όταν ήταν τεσσάρων ετών. Είναι πια στα 45 του, οδηγεί ο ίδιος, όμως κάθε φορά που είτε ως πεζός είτε ως οδηγός, αντιλαμβάνεται κόκκινο αμάξι, έστω κι αν το βλέπει σε φωτογραφία, νιώθει πανικό, ιδρώνει, παθαίνει ταχυκαρδία, το βλέμμα του θολώνει, το μυαλό του σταματάει, γιατί η αμυγδαλή του ουρλιάζει «κίνδυνος-κίνδυνος». Μετά από ψυχοθεραπευτική ύπνωση βγήκε στην επιφάνεια το κόκκινο αυτοκίνητο των παιδικών του χρόνων. Κάνοντας ασκήσεις για ένα χρόνο ώστε να μη φοβάται τα κόκκινα αυτοκίνητα, ο ασθενής και οδηγούσε και περπατούσε πιο άνετα, χωρίς να παθαίνει πανικό όποτε έβλεπε κόκκινο αυτοκίνητο μπροστά του. Πέρασε 20 χρόνια φυσιολογικής ζωής χωρίς να ξαναπανικοβληθεί λόγω αμυγδαλής που είχε κοιμηθεί, ώσπου στα 66 του είδε μπροστά του τη σύγκρουση ενός κόκκινου αυτοκινήτου με ένα άλλο αδιάφορου χρώματος αυτοκίνητο. Η αμυγδαλή ενεργοποιήθηκε όπως πάντα ανεξέλεγκτα και ο άνθρωπος που, εκείνη την ημέρα ήταν πεζός και μόνο είδε το ατύχημα, έπαθε έμφραγμα και πέθανε επιτόπου.
Κυριολεκτικά η αμυγδαλή είναι ένα ηφαίστειο μονίμως εν ενεργεία. Με καλή συνεργασία των δύο ημισφαιρίων μέσω του μεσολόβιου, συν τη δημιουργική συμβολή του ιππόκαμπου και τη δημιουργία νέων νευρώνων, με ήρεμη ζωή, αυτογνωσία και αποδοχή των δυνατοτήτων του ανθρώπου από τον εαυτό του, το ηφαίστειο κρατιέται αρκετά ήρεμο αλλά ποτέ δεν απενεργοποιείται τόσο που να διαγράψει τις φοβίες του.