Είναι οι οργανισμοί εκείνοι οι οποίοι δημιουργήθηκαν τεχνητά από τους επιστήμονες με την αφαίρεση ή την προσθήκη γονιδίων
που προέρχονται από οργανισμούς που μπορεί να ανήκουν ακόμα και σε εντελώς διαφορετικά είδη.
Παράδειγμα: Οι επιστήμονες μπορούν να πάρουν γονίδια από τα ζώα και να τα μεταφέρουν στα φυτά ή ακόμη γονίδια από μικρόβια και να τα προσθέσουν στο καλαμπόκι. Έτσι ο νέος οργανισμός που θα προέλθει με αυτόν τον τρόπο θα είναι ένας τροποποιημένος οργανισμός που δε θα γινόταν ποτέ με φυσικό τρόπο.
Οι επιδράσεις των μεταλλαγμένων αφορούν δυο βασικά σημεία: πρώτον, την υγεία των ανθρώπων και δεύτερο το περιβάλλον.
Για τον άνθρωπο:
Από έρευνες που έχουν γίνει έχει αποδειχθεί ότι υπάρχει το ενδεχόμενο πρόκλησης αλλεργιών μέσω της κατανάλωσης μεταλλαγμένων, αύξηση της αντίστασης των μικροβίων στα αντιβιοτικά και μείωση της αποτελεσματικότητας αυτών των φαρμάκων. Παραγωγή νέων τοξινών από μεταλλαγμένα φυτά που βγάζουν τοξικές ουσίες ενάντια σε ζιζάνια και έντομα και οι οποίες μπορεί να είναι τοξικές και για τον άνθρωπο
Για το περιβάλλον :
Οι κίνδυνοι από την απελευθέρωση των μεταλλαγμένων στο περιβάλλον είναι πολλοί και μεγάλοι.
Μέσω της γύρης μπορούν να μεταφερθούν γονίδια και σε άλλα φυτά που δεν είναι μεταλλαγμένα αλλά ακόμη και σε άγρια είδη και έτσι να έχουμε μια γενετική μόλυνση όπως π.χ. η γύρη από το μεταλλαγμένο καλαμπόκι είναι καταστρεπτική για ένα είδος πεταλούδας.
Μπορεί να αυξηθεί η ανθεκτικότητα ορισμένων ζιζανίων. Αυτό θα έχει σαν αποτέλεσμα ορισμένα είδη να αυξηθούν υπερβολικά και άλλα να εξαφανιστούν εντελώς. Το ίδιο ισχύει φυσικά και για τα ζώα που τρώνε τα φυτά. Αυτό όμως είναι μια τεράστια ΑΠΕΙΛΗ για την ισορροπία του περιβάλλοντος..
Υπάρχει πιθανότητα εξαφάνισης των φυτών που δεν είναι μεταλλαγμένα γιατί δεν θα μπορούν να τα ανταγωνιστούν.
Η διασταύρωση των μεταλλαγμένων με την φυσική βλάστηση θα έχει τεράστιους κινδύνους για το περιβάλλον.
Το χειρότερο βέβαια είναι ότι έτσι και ελευθερωθούν τα μεταλλαγμένα στο περιβάλλον δεν θα μπορέσουμε να τα πάρουμε πίσω. Η ζημιά ήδη θα έχει γίνει.