Η χρήση φυτοφαρμάκων συνεπάγεται:
* Την εξόντωση εκτός των ζιζανίων και όλων των υπολοίπων μικροοργανισμών που είναι απαραίτητοι στην καλλιέργεια.
* Τη μόλυνση του εδάφους και των υδάτων.
* Την παρουσία χημικών στα τελικά ή ενδιάμεσα προϊόντα αποτέλεσμα των καλλιεργειών.
* Την οικονομική και σε πολλές περιπτώσεις και κοινωνική τελικά εξάρτηση του παραγωγού από συγκεκριμένες εταιρίες ή φορείς που θα του παράσχουν το απαραίτητο φυτοφάρμακο.