Στις 15 Σεπτ. 1928 έκανε τυχαία τη μεγάλη ανακάλυψη. Λίγο πριν καταστρέψει ένα δοκιμαστικό σωλήνα με καλλιέργεια κάποιων βακτηριδίων, παρατήρησε ότι είχε αναπτυχθεί ένα είδος μπλέ μούχλας, που φάνηκε ότι ήταν σε θέση να σκοτώσει τους επιβλαβείς μικροοργανισμούς: Είχε μόλις ανακαλύψει την πενικιλίνη! Το 1945 όταν βραβεύτηκε με ΝΟΜΠΕΛ ιατρικής δήλωσε ταπεινά: <<Η ΦΥΣΗ ΔΗΜΙΟΥΡΓΗΣΕ ΤΗΝ ΠΕΝΙΚΙΛΙΝΗ. ΕΓΩ ΑΠΛΩΣ ΤΗ ΒΡΗΚΑ>> !!!